از چالش های آموزش ترکیبی میتوان به موارد زیر اشاره کرد

۱ -نیاز به زیرساخت مناسب: دسترسی به اینترنت با سرعت بالا و تجهیزات لازم برای آموزش آنلاین ضروری است.

۲ـ آموزش مدرسان: مدرسان باید آموزش‌های لازم را برای استفاده از فناوری و روش‌های آموزش ترکیبی ببینند.

۳ـ مدیریت دانش‌آموزان: مدیریت دانش‌آموزان در محیط‌های مختلف آموزشی، چالش‌برانگیز است.

۴ـ ارزیابی عملکرد: ارزیابی عملکرد دانش‌آموزان در آموزش ترکیبی، نیاز به روش‌های متنوع و خلاقانه دارد.

۵ـ تفاوت در دسترسی به تکنولوژی: همه دانش‌آموزان به طور مساوی به تکنولوژی و اینترنت دسترسی ندارند