1-یکی از اصلی‌ترین چالش‌های برنامه‌ریزی در کلاس‌های چندپایه، تعدد پایه‌ها و تفاوت محتوای درسی است. هر پایه کتاب، اهداف و حجم مطالب مخصوص به خود را دارد و معلم باید برای هر کدام برنامه جداگانه‌ای داشته باشد. این کار هم زمان زیادی می‌گیرد و هم باعث می‌شود تمرکز معلم بین چند برنامه مختلف تقسیم شود.

2-مدیریت زمان کلاس از دیگر مشکلات مهم است. معلم باید زمان تدریس را به‌گونه‌ای تقسیم کند که هیچ پایه‌ای نادیده گرفته نشود، اما در عمل این کار بسیار دشوار است. معمولاً زمانی که معلم در حال تدریس به یک پایه است، پایه‌های دیگر یا بیکار می‌مانند یا تمرکز خود را از دست می‌دهند.

3-یکی دیگر از چالش‌ها، تفاوت سطح یادگیری دانش‌آموزان است. در کلاس‌های چندپایه، حتی دانش‌آموزان یک پایه هم سطح یکسانی ندارند، چه برسد به چند پایه مختلف. برنامه‌ریزی آموزشی باید به‌گونه‌ای باشد که هم دانش‌آموزان قوی و هم دانش‌آموزان ضعیف بتوانند یاد بگیرند، که این موضوع کار معلم را سخت‌تر می‌کند.

4-خستگی و فشار کاری معلم نیز نقش مهمی در کیفیت برنامه‌ریزی دارد. معلم کلاس چندپایه معمولاً هم‌زمان نقش معلم چند پایه، مدیر کلاس و حتی مشاور را ایفا می‌کند. این حجم از مسئولیت باعث می‌شود فرصت کافی برای برنامه‌ریزی دقیق و منظم وجود نداشته باشد.

5-از دیگر چالش‌ها می‌توان به کمبود امکانات و وسایل کمک‌آموزشی اشاره کرد. بسیاری از کلاس‌های چندپایه در مناطق محروم قرار دارند و دسترسی کمی به ابزارهای آموزشی دارند. در چنین شرایطی، اجرای برنامه‌های متنوع و جذاب آموزشی با محدودیت‌های زیادی همراه است.

6-همچنین، نبود راهنمای مشخص و برنامه درسی انعطاف‌پذیر یکی از مشکلات جدی است. بیشتر برنامه‌های درسی برای کلاس‌های تک‌پایه طراحی شده‌اند و معلمان چندپایه مجبورند خودشان روش تدریس و برنامه آموزشی را با شرایط کلاس تطبیق دهند، که این کار نیازمند تجربه و مهارت بالاست.

7-یکی دیگر از چالش‌های برنامه‌ریزی آموزشی در کلاس‌های چندپایه، سختی ارزشیابی و سنجش یادگیری است. معلم باید برای هر پایه شیوه ارزشیابی متفاوتی در نظر بگیرد و هم‌زمان پیشرفت تحصیلی دانش‌آموزان را بررسی کند. این کار هم زمان‌بر است و هم ممکن است دقت لازم را نداشته باشد.

8-هماهنگ‌کردن تکالیف درسی نیز مشکل‌ساز است. اگر تکالیف برای همه پایه‌ها یکسان باشد، برای برخی دانش‌آموزان ساده و برای برخی دیگر بسیار دشوار خواهد بود. از طرفی، دادن تکالیف جداگانه برای هر پایه، فشار کاری معلم را بیشتر می‌کند.

9-از دیگر چالش‌ها می‌توان به کمبود آموزش تخصصی معلمان برای کلاس‌های چندپایه اشاره کرد. بسیاری از معلمان بدون گذراندن دوره‌های خاص، وارد این کلاس‌ها می‌شوند و ناچارند با آزمون و خطا روش مناسب برنامه‌ریزی را پیدا کنند.

10-عدم تمرکز دانش‌آموزان هم تأثیر زیادی بر برنامه‌ریزی دارد. زمانی که معلم در حال تدریس به یک پایه است، صدای تدریس یا فعالیت‌های آن پایه می‌تواند حواس دانش‌آموزان پایه‌های دیگر را پرت کند و باعث شود برنامه‌ریزی‌ها آن‌طور که انتظار می‌رود پیش نرود.

11-هماهنگی ضعیف با خانواده‌ها نیز می‌تواند برنامه‌ریزی آموزشی را تحت تأثیر قرار دهد. برخی والدین از شرایط کلاس‌های چندپایه آگاهی کافی ندارند و انتظارات آن‌ها با واقعیت کلاس همخوانی ندارد، که این موضوع فشار بیشتری به معلم وارد می‌کند.

12-در نهایت، کاهش فرصت توجه فردی به دانش‌آموزان از چالش‌های مهم است. در کلاس‌های چندپایه، معلم نمی‌تواند به همه دانش‌آموزان به‌طور برابر توجه کند و این مسئله گاهی باعث می‌شود برخی دانش‌آموزان از برنامه آموزشی عقب بماند.