کلاس‌های چندپایه در مناطق کم‌جمعیت یا با محدودیت نیروی انسانی شکل می‌گیرند، اما اداره‌ی آن‌ها با چالش‌های آموزشی و مدیریتی ویژه‌ای همراه است. مهم‌ترین چالش این کلاس‌ها، تنظیم هم‌زمان برنامه‌ی درسی برای چند سطح سنی و تحصیلی است؛ معلم باید محتوای متفاوتی را در زمان محدود ارائه کند و این مسئله می‌تواند بر عمق یادگیری دانش‌آموزان تأثیر بگذارد. از سوی دیگر، ارزشیابی پیشرفت تحصیلی در چنین کلاس‌هایی دشوارتر است، زیرا معیارها و اهداف هر پایه متفاوت‌اند.

چالش دیگر، مدیریت کلاس و حفظ نظم است؛ هنگامی که گروهی از دانش‌آموزان در حال انجام فعالیت مستقل هستند، گروه دیگر نیاز به آموزش مستقیم دارد و این جابجایی مداوم تمرکز، فشار روانی معلم را افزایش می‌دهد. همچنین، کمبود منابع کمک‌آموزشی و نبود برنامه‌های آموزشی ویژه‌ی کلاس‌های چندپایه، کیفیت تدریس را تحت تأثیر قرار می‌دهد.