مدیریت و سازماندهی کلاس چند پایه، به دلایلی که در ابتدای این بخش هم بیان شد، در مقایسه با مدیریت کلاس تک پایه پیچیده‌تر است و نیاز به دقت و حساسیت بالاتری از سوی معلم دارد.

یکی از این موارد، نحوۀ چینش کلاس یا به عبارتی سازماندهی فضای فیزیکی کلاس است. معلم کلاس چندپایه با توجه به تعداد پایه‌ها و فضای کلاس، لازم است محل قرار گرفتن هر پایه و محل قرار گرفتن خود را مشخص کند.محل استقرار هر پایه یاید به گونه‌ای باشد که به راحتی به تختهٔ کلاس و سایر وسایل و مواد آموزشی مربوط به خود، دسترسی داشته باشد. در صورت امکان، لازم است هر پایه تختۀ مخصوص به خود را داشته باشد.

در صورت امکان فاصلهٔ بین هر پایه باید به اندازه‌ای باشد که معلم بتواند به راحتی بین آن‌ها حرکت کند و صدای دانش‌آموزان پایه‌های مختلف مزاحمتی برای یکدیگر ایجاد نکند.

همچنین معلم کلاس چندپایه به عنوان رهبر آموزشی باید زمینه و فرصت مناسب را برای دستیابی همهٔ دانش‌آموزان به اهداف آموزشی فراهم کند. قواعد رفتاری دانش‌آموزان هر پایه را مشخص کرده و برای دانش‌آموزان خود امنیت روانی ایجاد کند.