از معایب آموزش ترکیبی میتوان به موارد زیر اشاره کرد

۱ـ اینترنت پرسرعت و پایدار: عملکرد موثر آموزش ترکیبی به دسترسی همه دانش‌آموزان به اینترنت پرسرعت و پایدار وابسته است. قطع اینترنت، کندی سرعت یا نبود دسترسی می‌تواند مانع از پیشرفت دانش‌آموزان شود. این مسئله به‌خصوص در مناطق روستایی یا برای دانش‌آموزانی با وضعیت اقتصادی ضعیف، چالش بزرگی ایجاد می‌کند.

۲ـ تجهیزات مناسب: دانش‌آموزان به کامپیوتر، تبلت یا تلفن همراه مناسب و همچنین نرم‌افزارهای مورد نیاز دسترسی داشته باشند. نداشتن این تجهیزات یا قدیمی بودن آنها می‌تواند مانع از یادگیری موثر شود.

۳ـ دسترسی نامساوی به تکنولوژی: همه دانش‌آموزان به یک اندازه به تکنولوژی و اینترنت دسترسی ندارند. این مسئله می‌تواند منجر به ایجاد شکاف دیجیتالی و نابرابری در فرصت‌های یادگیری شود.

۴ـ مهارت‌های دیجیتالی متفاوت: دانش‌آموزان ممکن است در مهارت‌های دیجیتالی و استفاده از ابزارهای آنلاین تفاوت داشته باشند. این تفاوت‌ها می‌تواند بر عملکرد آن‌ها در آموزش ترکیبی تاثیر بگذارد.

۵ـ طراحی محتوا و فعالیت‌های مناسب: طراحی محتوا و فعالیت‌های آموزشی که هم در محیط آنلاین و هم حضوری مؤثر باشند، کار دشواری است و نیاز به تخصص و برنامه‌ریزی دقیق دارد.

۶- مدیریت زمان و منابع: مدیریت زمان و منابع در آموزش ترکیبی نیاز به برنامه‌ریزی دقیق و هماهنگی بین فعالیت‌های آنلاین و حضوری دارد.

۷ـ ارتباط و تعامل با دانش‌آموزان: برقراری ارتباط مؤثر با دانش‌آموزان در محیط‌های مختلف آموزشی چالش‌برانگیز است. برخی دانش‌آموزان ممکن است در محیط آنلاین کمتر فعال باشند یا نیاز به پشتیبانی بیشتری داشته باشند.

۸ـ ارزیابی و سنجش یادگیری: ارزیابی و سنجش یادگیری در آموزش ترکیبی نیاز به روش‌های متنوع و خلاقانه دارد تا اطمینان حاصل شود که همه دانش‌آموزان به طور عادلانه ارزیابی شده‌اند. اطمینان از عدم تقلب در آزمون‌های آنلاین نیز چالش‌برانگیز است.

۹ـ هزینه‌های زیرساخت: ایجاد و نگهداری زیرساخت‌های لازم برای آموزش ترکیبی، از جمله سخت‌افزار، نرم‌افزار و اینترنت، هزینه بر است.

۱۰ هزینه‌های آموزش مدرسان: مدرسان نیاز به آموزش و پشتیبانی لازم برای استفاده از فناوری و روش‌های آموزش ترکیبی دارند که این امر مستلزم هزینه است.

۱۱ـ خستگی چشم و مشکلات جسمی: استفاده طولانی مدت از صفحه نمایش می‌تواند منجر به خستگی چشم، سردرد و سایر مشکلات جسمی شود.

۱۲ـ کاهش تعامل اجتماعی: وابستگی بیش از حد به آموزش آنلاین می‌تواند منجر به کاهش تعامل اجتماعی و ایجاد حس انزوا در برخی دانش‌آموزان شود.